Con un plantel corto, el equipo de Atlas fue capaz de ser competitivo y logró colarse a la Liguilla tanto en el Torneo Clausura 2017, como en el Apertura 2017, pero con los cuartos de final como su máximo tope.
Con José Guadalupe Cruz en el banquillo, el cuadro tapatío encaró el primer semestre de 2017 con la consigna de poner un margen amplio en la lucha por evitar el descenso, de la mano de gente como el argentino Gustavo Matías Alustiza, quien se convirtió en su referente ofensivo, así como el ecuatoriano Fidel Martínez.
Y así lo hizo, sin embargo, el estilo del “Profe” no fue del agrado de su afición, que lo acusó de ser demasiado precavido, algo que al final también le dio el boleto a la fase final. En los cuartos de final se encontraron con el Guadalajara, al que derrotaron por la mínima diferencia en el duelo de ida, pero cayeron por el mismo marcador en la vuelta, para quedar fuera por la mejor posición en la tabla de las Chivas.
Para el Apertura 2017 la fórmula fue la misma, con José Guadalupe Cruz y un plantel limitado, al que se incorporó el argentino Milton Caraglio. El accionar del equipo fue prácticamente el mismo, irregular, lo que lo llevó a calificar hasta la última fecha, gracias a una combinación de resultados. En este semestre perdieron durante gran parte del certamen a su capitán y referente, el defensa Rafael Márquez, quien por problemas legales se tuvo que alejar de las canchas, a las que regresó en la recta final.
Al entrar como octavo tuvo que verse las caras con el líder Monterrey, el cual lo superó desde el primer duelo para imponerse con global de 6-2, para así terminar con el sueño atlista de trascender.