A unas horas de que fueran promulgadas las leyes secundarias del Sistema Nacional Anticorrupción, por le presidente Enrique Peña Nieto el secretario de la Función Pública, Virgilio Andrade, presentó su renuncia, con el objeto de que, en el esquema del nuevo modelo, de que el Ejecutivo Federal tenga la posibilidad de proponer al
Senado de la República a un titular de la dependencia para su ratificación.
Andrade destacó que este día será el inicio de una nueva era en el desempeño de la Secretaría, por lo que estimó pertinente presentar la renuncia al cargo "a fin de que el Ejecutivo federal cumpla a cabalidad con el mandato constitucional establecido en el Sistema Nacional Anticorrupción, con un secretario de la Función Pública debidamente nombrado y ratificado por el Senado. Hoy finaliza por lo tanto, la era de la administración tradicional del control interno para dar paso a un nuevo episodio ciudadano y plural".
El ex secretario de la Función Pública agradeció a quienes lo respaldaron durante su gestión a sus críticos y opositores, pues con sus cuestionamientos permitieron buscar el mejoramiento en el desempeño de esta institución. Asimismo, agradeció la confianza al Presidente haberle conferido este cargo, en febrero de 2015.
Virgilio Andrade, fue designado por el Presidente el 3 de febrero de 2015, en el marco de informaciones periodísticas que daban cuenta de una casa, propiedad de la esposa del presidente, Angélica Rivera, que había sido vendida por el Grupo Higa, situación que provocaba un presunto conflicto de interés que el nuevo funcionario debió indagar, según la instrucción presidencial.
También le encomendó la investigación de otro conflicto de interés por una razón similar, de una propiedad del secretario de Hacienda y Crédito Público, Luis Videgaray, en el municipio de Malinalco, estado de México. Hacia finales de agosto de 2015, en vísperas del informe de gobierno. Andrade dio a conocer el resultado de investigación determinando la exoneración de ambos funcionarios, en medio de fuertes descalificaciones de los partidos de oposición.
Para entonces, la SFP sólo existía gracias a que un transitorio de las reformas a la estructura orgánica del gobierno federal, le permitía seguir operando hasta en tanto se creara el nuevo sistema anticorrupción. No obstante, en la reforma constitucional y las leyes secundarias se determinó reactivar a la SFP, que desempeñaría un papel central en este modelo.
En 2015, Andrade dio a conocer sus datos patrimoniales en el Registro de Servidores Públicos de la SFP. En ese entonces, señaló que poseía una casa de 576 metros cuadrados con un valor de 3.5 millones de pesos adquirida en septiembre de 2002 mediante un crédito.
Además, informó que recibió un total de 152 mil 583 pesos mensuales, de los cuales 130 mil 883 son ingresos como funcionario público, 2 mil 800 por actividad financiera y 18 mil 900 bajo el rubro de "otros", no especificado en el documento.
Dijo ser propietario de dos vehículos: un Jetta 2011, de 300 mil pesos, y un Toyota Sienna Limited 2011 de 625,mil pesos, ambos adquiridos en 2010 vía crédito.
Andrade no hizo pública su declaración patrimonial, fiscal y de intereses correspondientes a 2016, según el sitio 3de3.mx.