mujeres se les permitiría estudiar, pero no junto a los hombres.
También anunció que se llevará a cabo una revisión de las materias a impartir.
Bajo el gobierno de los talibanes en Afganistán entre 1996 y 2001, las mujeres y las niñas tenían prohibido estudiar en las escuelas y universidades.
En este nuevo gobierno los talibanes han dicho que no impedirán que las mujeres reciban educación o tengan trabajo.
Pero desde que tomaron el control del país el 15 de agosto, les han pedido a todas las mujeres, excepto a las del sector de la salud pública, que se mantengan alejadas del trabajo hasta que mejore la situación de seguridad.
El anuncio de la política de educación superior se produce un día después de que los talibanes izaran su bandera sobre el palacio presidencial, lo que marca el comienzo de su administración.
Su política es un cambio significativo con respecto a la práctica aceptada hasta hace pocas semanas, antes de la toma de posesión de los talibanes. Las universidades eran mixtas, con hombres y mujeres estudiaban codo con codo, y las estudiantes no tenían que cumplir con un código de vestimenta.
"La gente lo aceptará"
Haqqani no se disculpó por poner fin a las clases mixtas.
"No tenemos problemas para acabar con el sistema de educación mixta", dijo. "La gente es musulmana y lo aceptará", afirmó.
Algunos han sugerido que las nuevas reglas excluirán a las mujeres de la educación porque las universidades no tienen los recursos para proporcionar clases separadas.
Sin embargo, el ministro insistió en que hay suficientes profesoras y que donde no haya disponibles se encontrarán alternativas.
"Todo depende de la capacidad de la universidad", dijo. "También podemos utilizar profesores varones para enseñar detrás de una cortina o utilizar tecnología".
Las niñas y los niños también serán segregados en las escuelas primarias y secundarias, lo que ya era común en todo Afganistán.
Se requerirá que las mujeres usen hiyab, sin embargo, Haqqani no especificó si se haría obligatorio cubrirse la cara adicionalmente.
El recién instalado ministro también dijo que revisarán las materias que se imparten en las universidades, sin dar más detalles, pero expresó que esperan que quienes se gradúen estén al nivel de que lo hacen en la región y en el resto del mundo, según informó la agencia de noticias AP.
Les dijo a periodistas que los talibanes quieren "crear un plan de estudios razonable e islámico que esté en línea con nuestros valores islámicos, nacionales e históricos y, por otro lado, poder competir con otros países".
Protestas de mujeres a favor del Talibán
El anuncio se produce un día después de una manifestación de mujeres que apoyan las políticas de género de los talibanes en la Universidad de Educación Shaheed Rabbani en Kabul.
Cientos de mujeres, la mayoría vestidas con niqabs negros y con pequeñas banderas talibanes en la mano, escucharon discursos que elogiaban al nuevo gobierno y criticaban a quienes han participado en grandes manifestaciones en todo el país exigiendo la protección de los derechos de las mujeres.
El nuevo gobierno también reemplazó el Ministerio de Asuntos para la Mujer por el Ministerio del Vicio y la Virtud.
Esta entidad fue responsable, durante el anterior mandato del Talibán en Afganistán, de desplegar policías religiosos en las calles para hacer cumplir la ley sharia.
Estos agentes se encargaron de castigar a mujeres por conductas que consideraban infracciones, como el vestirse de manera "inmodesta" y andar en la calle sin un tutor masculino.
Muchas mujeres profesionales prominentes huyeron de Afganistán anticipándose a las reglas que preveían aplicaría el nuevo gobierno talibán. La cantante de pop más famosa del país, Aryana Sayeed, abandonó el país en un avión de carga estadounidense y la afamada directora de cine Sahraa Karimi fue evacuada a Ucrania.