Hunter, que se enfrentaba a una sentencia por dos casos penales.
En un comunicado, el presidente calificó los casos como "un error de la Justicia".
"Desde el día en que asumí el cargo, dije que no interferiría en la toma de decisiones del Departamento de Justicia, y mantuve mi palabra incluso mientras veía cómo mi hijo era procesado de forma selectiva, e injusta", añadió.
Hunter Biden se declaró culpable de delitos fiscales a principios de septiembre, y en junio fue declarado culpable de poseer un arma de fuego siendo consumidor de drogas ilegales. Se convirtió así en el primer hijo de un presidente en ejercicio en ser condenado por un delito.
En reacción al indulto, el presidente electo Donald Trump dijo: "¿El indulto otorgado por Joe a Hunter incluye a los rehenes [del 6 de enero], que ya llevan años en prisión? ¡Qué abuso y qué error judicial!".
Trump se refería a sus partidarios que irrumpieron en el Capitolio de Estados Unidos el 6 de enero de 2021 en un intento de revertir la derrota del expresidente en las elecciones de 2020.
Cambio de postura
El indulto total e incondicional llega después de que el presidente dijera previamente que no le concedería clemencia a su hijo.
Hace apenas un par de meses, en septiembre, el secretario de prensa de la Casa Blanca afirmó que Biden no concedería el indulto a su hijo.
Pero el domingo por la noche, el Presidente Biden dijo que aunque creía en el sistema judicial, "la política ha infectado este proceso y ha llevado a un error de la Justicia".
Y añadió: "Una vez que tomé esta decisión este fin de semana, no tenía sentido retrasarla más".
"Espero que los estadounidenses comprendan por qué un padre y un Presidente tomaría esta decisión», dijo el presidente Biden.
Por su parte, también en un comunicado, Hunter Biden dijo que los errores que cometió durante los días más oscuros de su adicción a las drogas habían sido "explotados para humillar y avergonzar públicamente" a su familia por puro deporte político.
"Nunca daré por sentada la clemencia que se me concede hoy y dedicaré la vida que he reconstruido a ayudar a quienes siguen enfermos y sufriendo", añadió.