Al poder judicial de la federación le bastaron 28 años para queel más influyente y poderoso productor y distribuidor de marihuanade México en la década de los 80s, pagara por los delitos de narcotráfico, secuestro y asesinato y pese a que al capo le sumaban 199 años de sentencia, gano una batalla contra la autoridad ministerial y judicial por lo que solo compurgó una pena de poco menos de tres década de cárcel.
El primer revés que recibió Caro Quintero fue el secuestro y asesinato de Camarena Salazar y Alfredo Zavala Avelar, cometidos el 7 de febrero de 1985.
También fue acusado por el homicidio de Albert G. Radelat y John Clay Walker, ocurrido el 30 de enero de 1985, y por el que el capo había sido condenado a 40 años de cárcel.
Así mismo a Caro Quintero se le atribuyó el delito de privación ilegal de la libertad de cuatro mil campesinos a los que presuntamente había obligado a trabajar en el rancho El Búfalo, pues por éste ilícito, sostuvo el Tribunal, Caro Quintero ya había sido juzgado y había resultado absuelto.
También se le hizo responsable por delitos contra la salud en las modalidades de siembra, cultivo y cosecha de mariguana, así como posesión del mismo estupefaciente con la finalidad de tráfico, cometidos en 1984 en los ranchos Los Juncos y Montesco, ubicado en Chihuahua.